آزمایشگاه مالاریا این مرکز به صورت یک واحد مجزا همراه با بخش هماتولوژی فعال بوده ونمونه های ارسالی از مراکز شهری و روستایی به صورت روزانه مورد بررسی قرار گرفته ودر پایان ماه 10%
از این نمونه ها برای مرکز مالاریای استان ارسال گردیده تا مورد بررسی قرار بگیرد.